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Compilation

Compilateurs

Les compilateurs C/C++/Fortran Intel et GNU sont disponibles sur la machine Starlight.
Les compiltations doivent obligatoirement être faites sur la machine frontale (et non sur les noeuds de calcul).
La version 11.1 des compilateurs Intel est installée sur la machine et est accessible à tous les utilisateurs.
La version 4.1.2 des compilateurs GNU est également accessible à tous les utilisateurs. De plus, la version 4.3.5 des compilateurs GNU a été installée mais n'est pas utilisable par défaut. Si vous avez besoin de cette version plus récente des compilateurs GNU, veuillez prendre contact avec Fabrice Roy.
Les commandes donnant accès aux différents compilateurs sont présentées dans le tableau ci-dessous :

Options de compilation fréquemment utilisées

Voici une liste d'options de compilation largement employés avec les compilateurs Intel et/ou GNU. Lorsque le nom du compilateur n'est pas précisé, l'option est identique pour tous les compilateurs. COMP peut être remplacé par n'importe compilateur dans les exemples.

Options communes à tous les compilateurs :

-o : spécifie le nom de l'exécutable produit
Exemple : COMP source -o exécutable

-c : produit un fichier 'objet', les liens entre les programmes et librairies ne sont pas établis ; le fichier objet s'appelle par défaut source.o
Exemple : COMP -c source

-On : spécifie le niveau d'optimisation de l'exécutable, n vaut le plus souvent 0, 1, 2 ou 3 : les instructions sont réordonnées par le compilateur afin d'optimiser la vitesse d'exécution ; l'optimisation doit être utilisée avec précautions, elle peut introduire des erreurs.
Exemple : COMP -O2 source -o exécutable

-g : produit un exécutable fournissant des information de debogage et utilisable par un debogueur
Exemple : COMP -g source -o exécutable_debug

-lnom : spécifie le nom de la librairie, correspondant généralement au fichier libnom.a, devant être liée statiquement à l'exécutable et où se trouvent des routines utilisées dans l'exécutable.
Exemple : COMP source -o exécutable -llapack
pour utiliser des routines ou fonctions de la librairie liblapack.a

-Ichemin et -Lchemin : spécifie un répertoire où le compilateur doit chercher un fichier inclus (-I) ou une librairie que l'on souhaite lier (-L)
Exemple : COMP -I/usr/local/include -L/usr/local/lib source.f -o exécutable -llapack
pour compiler un exécutable utilisant la librairie liblapack.a située dans /usr/local/lib et incluant un fichier situé dans /usr/local/include

Interprétation des instructions OpenMP :
GNU -fopenmp source
INTEL -openmp source

Utilisation de variables réelles (type real) double précision par défaut en Fortran :
gfortran -fdefault-real-8 source
ifort -r8 source.f

Utilisation de variables entières (type integer) double précision par défaut en Fortran :
gfortran -fdefault-integer-8 source
ifort -i8 source.f

Interprétation du code par le preprocesseur en Fortran : dans tous les cas, renommer le fichier .f en .F ou .f90 en .F90 force l'utilisation du preprocesseur, et les directives sont données par -Dnom
gfortran -x f77-cpp-input source ou gfortran -x f95-cpp-input source
ifort -fpp source ou ifort -cpp source

Ajout d'un second underscore (_) à la fin des noms de fonctions/routines en Fortran : le comportement de ces options étant spécifique à chaque compilateur, référez vous à la documentation du compilateur (man) pour une description détaillée
gfortran -assume 2underscores source
ifort -fsecond-underscore source

Pas d'ajout d'underscore à la fin des noms de fonctions/routines en Fortran :
gfortran -assume nounderscore source
ifort -fno-underscoring source

Activation de tous les « warnings » et autres messages d'information à la compilation :
GNU -Wall source
ifort -warn all source
icc/icpc -Wall source

Vérification des indices de tableaux (ces options n'ont pas exactement la même signification selon le compilateur) :
GNU -fbounds-check source
ifort -check bounds source

manuel en ligne pour les compilateurs Intel Intel C/C++ et Fortran.

manuel pdf pour les compilateurs GNU C/C++ et Fortran, d'autres documentations étant également disponibles en ligne.

Bibliothèques

Les bibliothèques suivantes sont installées sur la machine Starlight :

FFTW version 2.1.5 (pour la version MPI) :
/usr/local/fftw-2.1.5-GNU/lib/ et /usr/local/fftw-2.1.5-INTEL/lib/
FFTW version 3.2.2 :
/usr/local/fftw-3.2.2-GNU/lib/ et /usr/local/fftw-3.2.2-INTEL/lib/

cfitsio compilé avec INTEL (libcfitsio-3.24-INTEL.a) et GNU (libcfitsio-3.24-GNU.a), libcfitsio.a pointe sur la version INTEL :
/usr/local/lib64/

BLAS compilé avec INTEL (libblas-INTEL.a) et GNU (libblas-GNU.a), libblas.a pointe sur la version INTEL :
/usr/local/lib64/

LAPACK compilé avec INTEL (liblapack-INTEL.a) et GNU (liblapack-GNU.a), liblapack.a pointe sur la version INTEL :
/usr/local/lib64/